公開パッケージagridatの62頭・23父羊データを固定手順で取得。
Uses a pinned acquisition path for the public agridat dataset of 62 lambs from 23 sires.
01
主なポイント Highlights
分散成分とICCの不確実性を、家系構造を保つパラメトリックブートストラップで評価。
Quantified uncertainty in variance components and ICC with a family-aware parametric bootstrap.
leave-one-sire-out評価では混合モデルが単純平均を上回らず、負の結果も保持。
In leave-one-sire-out validation, the mixed model did not beat the simple mean; the negative result is retained.
02
研究の流れ Research Flow
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課題Problem
出生体重の父羊内相関を推定し、新しい家系への予測価値があるかを検証する。
Estimate within-sire dependence in birthweight and test whether it improves prediction for unseen families.
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方法Method
父羊ランダム切片モデルをML/REMLで推定し、分散成分とICCを評価する。
Fit a sire random-intercept model by ML/REML and evaluate variance components and ICC.
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検証Validation
パラメトリックブートストラップとleave-one-sire-out予測で推論と一般化を分けて確認する。
Separate inferential uncertainty from generalization using parametric bootstrap and leave-one-sire-out prediction.
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成果Outcome
ICC推定は0.149だが区間は広く、家系外予測では単純平均に対する改善を確認できなかった。
The ICC estimate is 0.149 with a wide interval, and out-of-family prediction did not improve on the simple mean.
03
限界と適用範囲 Limitations & Scope
単位、完全な血統、重要な共変量が不足しており、ICCを遺伝率として解釈できない。
Units, full pedigree, and important covariates are missing, so the ICC cannot be interpreted as heritability.
04
公開範囲 Publication Boundary
公開ケーススタディPublic case study
公開データに基づく方法事例として、出典と帰属を明示したケーススタディを公開する。コード再現パッケージはこの公開範囲に含めない。
Published as a public-data case study with source attribution. A code reproduction package is outside this release scope.