農業データ・バイオインフォマティクス / Agricultural Data & Bioinformatics

公開ケーススタディPublic case study

農業バイオインフォマティクス:3つの監査済みワークフローAgricultural Bioinformatics: Three Audited Workflows

表形式農業データ、離散最適化、ORFシミュレーションを、検証付きの3モジュールへ整理した研究集。

A three-module collection covering tabular agricultural data, exact discrete optimization, and validated ORF simulation.

状態 / Status
2件再現済み・1件は公開範囲限定Two reproduced · one publication-limited
言語 / Language
Python

技術スタック / Tech Stack

  • Python
  • pandas
  • NumPy
  • Validated TSV ingestion
  • Exact dynamic programming
  • Monte Carlo simulation
  • Wilson intervals

01

主なポイント Highlights

異なる3研究を独立モジュールとテストへ分離し、入出力契約を明確化。

Separated three distinct studies into independent modules and tests with explicit I/O contracts.

Collatz値を用いるナップサック問題を、解の復元を含む厳密動的計画法で実装。

Implements an exact dynamic program with solution reconstruction for the Collatz-valued knapsack study.

ORFを2つの定義でシード固定シミュレーションし、Wilson区間で確率不確実性を報告。

Runs seeded ORF simulations under two definitions and reports probability uncertainty with Wilson intervals.

02

研究の流れ Research Flow

  1. 課題Problem

    由来と方法の異なる小研究を、相互依存のない再現可能な単位へ整理する。

    Turn small studies with different origins and methods into reproducible, independent units.

  2. 方法Method

    厳格なTSV検証、厳密動的計画法、シード固定Monte Carloを個別モジュールとして実装する。

    Implement strict TSV validation, exact dynamic programming, and seeded Monte Carlo as separate modules.

  3. 検証Validation

    スキーマ・境界値・解復元テストと、シミュレーションの再現性・区間推定を確認する。

    Check schemas, boundary cases, solution reconstruction, simulation reproducibility, and interval estimation.

  4. 成果Outcome

    各研究を独立に実行・監査できる構成へ修復し、アルゴリズム部分を公開可能な形に整理。

    Repaired the collection so each study can be run and audited independently, with algorithmic components suitable for presentation.

03

限界と適用範囲 Limitations & Scope

04

公開範囲 Publication Boundary

公開ケーススタディPublic case study

アルゴリズムと合成・シミュレーション部分は紹介可能だが、権利未確認のキュウリデータを含む完全公開は不可。

Algorithmic and simulation components can be presented, but a complete release cannot include cucumber data with unresolved rights.

リポジトリRepositoryレポートReport再現手順Reproduceこの公開レベルでは利用できません / Not available at this publication tier